使用費之徵收，於許可使用前，按其核准期間一次徵收。但公營公用事業機構施設永久性建造物、種植植物、圍築魚塭或插蚵、吊蚵使用者，於許可使用時徵收當年度許可使用費，第二年起至許可期間屆滿止，應於下列規定期限前，按年徵收許可使用費：
一、公營公用事業機構施設永久性建造物：每年一月三十一日前徵收當年期使用費。
二、種植植物、圍築魚塭或插蚵、吊蚵：每年十月三十一日前徵收當年期使用費。
除採取土石使用行為外，其使用費之一次徵收金額在新臺幣一百萬元以上者，申請人得於繳納期限內，向中央管河川管理機關申請分二期至六期繳納，每期間隔以不超過二個月為限。
對前項申請分期繳納者，應自原繳納期限屆滿之次日起，至繳費之日止，依原繳納期限屆滿之日郵政儲金匯業局之一年期定期存款利率，按日加計利息，一併徵收。
申請人對分期繳納之任何一期應繳納使用費，未如期繳納者，中央管河川管理機關應於該期繳納期限屆滿之次日起十五日內，就未繳清之使用費餘額，發單通知申請人，限十日內一次全部繳清。