中小企業從事研究發展之支出申請適用投資抵減者，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，依規定格式填報，並檢附前條第一項規定之文件，送請中小企業所在地之稅捐稽徵機關核定其投資抵減稅額；於當年度營利事業所得稅結算申報期間屆滿前未依規定格式填報者，不得適用投資抵減。
本辦法中華民國一百十三年十二月四日修正發布前，中小企業已依前項規定辦理申報，其一百十三年一月一日以後支出符合
第五條第一項第五款規定之教育訓練費用，得自修正發布之日起算六個月內，依規定格式填報，並檢附前條第一項第五款規定之文件，送請中小企業所在地之稅捐稽徵機關核定其投資抵減稅額，逾期申請者，稅捐稽徵機關應不予受理。
第一項申報表格之格式，由財政部定之。
中小企業依第一項及第二項規定填報之資料如有疏漏，經稅捐稽徵機關通知限期補正，屆期未補正或補正未完全者，稅捐稽徵機關應不予受理。