生技醫藥公司應於其個人股東以現金繳納股款之當日起滿三年之次年一月底前，檢具下列文件，向公司所在地之稅捐稽徵機關申請核發個人股東投資自綜合所得總額減除證明書，逾期申請者，不予受理：
一、創立或增資前、後之公司登記證明文件；如有多次增資，併同檢附投資計畫開始至本次增資之資本形成明細表。
二、生技醫藥投資計畫核准函。
三、議決該次增資之股東會或董事會會議紀錄影本；屬新投資創立者，為發起人會議紀錄影本。
四、個人股東繳納股款證明文件。
五、個人股東繼續持有股份達三年，可適用投資減除之金額明細表，包括股東名稱、身分證統一編號或統一證號、認股股數、認股金額、繳款日期、繼續持有達三年之股數及可減除金額。
生技醫藥公司依前項規定應檢送之資料如有缺漏，經稅捐稽徵機關通知補正，屆期未補正或補正未完全者，不予受理。
稅捐稽徵機關應於前二項受理申請日或生技醫藥公司檢齊文件日當日起二個月內，將第一項申請結果函復該公司，其經核准者，應併同核發個人股東投資自綜合所得總額減除證明書。
生技醫藥公司應於稅捐稽徵機關核發個人股東投資自綜合所得總額減除證明書送達之次日起一個月內，發給第一項股東個人股東投資自綜合所得總額減除證明書。