保育研究科掌理事項如下：
一、本區域內自然生態之保育研究及調查監測計畫之執行。
二、本區域內自然資源、地形、地質、文化資產或其他人文史蹟之調查、研究及管理。
三、本區域內瀕臨滅絕、稀有野生物種棲地保育或復育計畫之執行。
四、本區域內學術研究採集申請之核發及管理。
五、本處保育研究圖書期刊資料之建立管理。
六、本區域內保育觀測研究站之管理與科研基地之建置及研究資料之科普化推廣。
七、研究採集計畫人員進入生態保護區申請之許可及執行。
八、本區域內生物性災害或違法盜採、盜獵、盜伐毀損自然資源與人文資源行為之處理復舊及監督。
九、參與國際保育組織與相關交流活動之規劃及推動。
十、其他有關保育研究事項。