保育研究課之職掌如下：
一、關於本區域內自然生態之保育、研究、經營、執行及監督事項。
二、關於本區域內自然資源、人文史蹟資料之蒐集、研究及管理事項。
三、關於本區域內各種標本之採集、製作、研究及保管事項。
四、關於本區域內學術研究採集申請之核發、管理事項。
五、關於本區域內保育研究成果之應用、推廣事項。
六、關於本區域內危害自然及人文資源案件之認定、處理事項。
七、關於本區域內環境監測及保育巡查事項。
八、關於本區域內環境影響評估報告之審議事項。
九、關於本區域內進入生態保護區之許可事項。
十、其他有關保育研究事項。