教師申訴之程序分為申訴及再申訴二級如下：
一、專科以上學校分學校及中央二級。
二、高級中等以下學校分直轄市、縣（市）及中央二級。但中央主管機關所屬學校為中央一級，其提起之申訴，以再申訴論。
教師不服申訴決定者，得提起再申訴；學校及主管機關不服申訴決定者，亦同。
教師依本法提起申訴、再申訴後，不得復依訴願法提起訴願；於申訴、再申訴程序終結前提起訴願者，受理訴願機關應於十日內，將該事件移送應受理之教師申訴評議委員會，並通知教師；同時提起訴願者，亦同。
教師依訴願法提起訴願後，復依本法提起申訴者，受理之教師申訴評議委員會應停止評議，並於教師撤回訴願或訴願決定確定後繼續評議；原措施屬行政處分者，應為申訴不受理之決定。
本法中華民國一百零八年五月十日修正之條文施行前，尚未終結之事件，其以後之程序，依修正施行後之本法規定終結之。
原措施性質屬行政處分者，其再申訴決定視同訴願決定；不服再申訴決定者，得依法提起行政訴訟。