本部或受託機構，應依下列原則及程序辦理專科學校評鑑工作：
一、組成評鑑會，統籌整體評鑑事宜。
二、各類評鑑應於評鑑辦理一年前通知受評鑑學校。但專案評鑑不在此限。
三、各類評鑑應編訂評鑑實施計畫，除專案評鑑外，應於辦理評鑑六個月前公告。
四、前款評鑑實施計畫內容應包括評鑑項目、基準（指標）、程序、結果、申復、申訴與評鑑委員資格、講習、倫理、迴避及其他相關事項。
五、辦理評鑑說明會，針對評鑑計畫之實施，向受評鑑學校詳細說明。
六、於當次所有專科學校評鑑結束後四個月內完成評鑑報告初稿，送受評鑑學校。
七、對評鑑報告初稿不服之受評鑑學校，應於收到報告初稿二星期內，向本部或受託機構提出申復；申復有理由時，本部或受託機構應修正評鑑報告初稿，申復無理由時，維持評鑑報告初稿，並完成評鑑報告書及評鑑結果。
八、本部或受託機構公告評鑑結果，並將評鑑報告書送受評鑑學校。
九、對評鑑結果不服之受評鑑學校，應於結果公告一個月內，向本部或受託機構提出申訴；申訴有理由時，本部或受託機構應修正評鑑結果或重新辦理評鑑，最終之評鑑結果另行公告之。
十、針對受評鑑學校之申復、申訴意見，應制定公正客觀之處理機制。
十一、依評鑑類別性質及目的之不同，訂定評鑑結果之處理方式，並訂定追蹤評鑑及再接受評鑑機制。