智慧財產及商業法院設書記處，置書記官長，薦任第九職等至簡任第十一職等，承院長之命處理行政事務；一等書記官，薦任第八職等至第九職等；二等書記官，薦任第六職等至第七職等；三等書記官，委任第四職等至第五職等，分掌紀錄、文書、研究考核、總務、資料及訴訟輔導事務；並得分科、分股辦事，科長由一等書記官兼任，股長由一等書記官或二等書記官兼任，均不另列等。但一等書記官人數少於設科數，且有業務需要時，科長得由二等書記官兼任之。
前項一等書記官、二等書記官總額，不得逾同一智慧財產及商業法院一等書記官、二等書記官、三等書記官總額二分之一。