民間機構依本辦法規定投資於研究與發展及人才培訓之支出，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，依規定格式填報，並依下列規定檢附有關證明文件，送請民間機構所在地之稅捐稽徵機關核定其數額。稅捐稽徵機關於核定其抵減稅額時，如對民間機構申報之支出內容或相關事項有疑義，可洽主管機關協助認定：
一、研究與發展支出：
（一）民間機構之組織系統圖及研究人員名冊。
（二）研究發展單位研究用消耗性器材、原材料及樣品之完整進、領料紀錄。
（三）當年度購置專供研究與發展用儀器設備之清單。
（四）研究發展單位配置圖及其使用面積占建築物總面積之比率說明書。
（五）購買或使用專利權、專門技術、著作權之契約或證明文件及其攤折或支付費用計算表。
（六）研究計畫及紀錄或報告。
（七）其他有關證明文件。
二、人才培訓支出：
（一）人材培訓計畫。
（二）培訓人才名冊及執行情形。
（三）員工出國進修規定。
（四）其他有關證明文件。
前項申報表格之格式，由財政部定之。