國家安全科掌理下列事項：
一、國內安全調查工作、機密保護工作之規劃、督導、協調及考核。
二、國內安全情勢、財經安全調查資料之研判、編報及處理。
三、社會安全調查資料之研判、編報及處理。
四、防制滲透資料之蒐集、研析及處理。
五、機關安全防護工作之協調、指導及考核。
六、國民保防教育與宣導之協調、推動及考核。
七、內亂、外患、洩漏國家機密防制工作之規劃、督導、協調及考核。
八、防制境外滲透、社安防護、反恐怖活動、反武器擴散工作之規劃、督導、協調及考核。
九、組織犯罪防制之協同辦理事項。
十、諮詢工作之規劃、管理、督導及考核。
十一、諮詢人員之聯繫及管理。
十二、其他有關國內安全調查、保防、國家安全維護及諮詢業務等事項。