海域自然地景及自然紀念物之指定，依下列程序為之：
一、現場勘查，並應召開說明會或公聽會。
二、擬具評估報告書。
三、經審議會審議通過，並作成指定處分之決定。
四、辦理公告。
五、直轄市定、縣（市）定者，報中央主管機關備查。
國定海域自然地景及自然紀念物之指定，由中央主管機關擇已公告指定為直轄市定、縣（市）定之海域自然地景及自然紀念物予以指定，或由原直轄市定、縣（市）定之指定機關，評估其價值已增加，報送中央主管機關指定。必要時，中央主管機關亦得逕行指定。
海域自然地景及自然紀念物變更範圍時，準用第一項之程序。但直轄市定、縣（市）定之海域自然地景及自然紀念物變更範圍致減損或增加其價值，而廢止其指定或變更其類別者，應報中央主管機關核定之。
海域自然地景及自然紀念物類別變更後，原指定機關應廢止原指定公告，其廢止日期應回溯至類別變更公告之生效日期。