本法用詞，定義如下：
一、海洋生物：指海洋動物、海洋植物及海洋其他生物。
二、海洋生物多樣性：指所有海洋範圍內活的生物體中之變異性，包括物種內、物種之間及生態系統之多樣性。
三、保育：指基於海洋生物多樣性及自然生態平衡之原則，對於海洋生物所為保護、復育、管理之行為。
四、海洋保護區：指一處海域或該海域與其毗連之陸域具有生物多樣性、特殊自然景觀、文化資產或永續利用之生態資源等，依本法或其他法律所劃定進行保護之區域。
五、海洋庇護區：指依本法所劃定之海洋保護區，並得以核心區、緩衝區及永續利用區進行分區管理者。
六、核心區：指為長期保護海洋生物、生態環境、生物多樣性，並提供學術研究，應嚴格保護，且限制人員進入及所有開發利用行為所劃定之區域。
七、緩衝區：指鄰接或環繞於核心區，針對人為活動進行管理、限制以保護核心區，可作為研究發展所劃定之區域。
八、永續利用區：指於核心區、緩衝區之外圍，在無礙海洋自然生態平衡之前提下，容許海洋生物、生態環境、生物多樣性及天然資源之利用，以獲取其文化、教育、學術、經濟等效益所劃定之區域，並永續管理及發展其資源。