專業團隊應由學校主要負責身心障礙學生教學與輔導之教師主責團隊運作，其他專業團隊成員以合作諮詢等方式，提供其有關個案評估、個別化教育計畫目標訂定、課程與教學規劃、環境設施設備改善、輔具購置及運用、轉銜輔導等服務，並協助追蹤調整之。幼兒園得指定專人主責團隊運作。
前項專業團隊合作及運作程序如下：
一、由專業團隊成員共同討論個案後進行評估，或由專業團隊成員分別評估個案後共同討論，再由主責教師或受指定專人彙整，做成評估結果。
二、由專業團隊依前款評估結果，與個案及其法定代理人或實際照顧者溝通意見，以決定教育及相關服務之重點及目標，並完成個別化教育計畫之訂定。
三、由主責教師或受指定專人在其他專業團隊成員之諮詢及協助下，主責個別化教育計畫之執行與追蹤輔導。