本部審查通案再利用許可申請文件時，得審酌其前案許可期間受環保告發處分之改善紀錄、查核改善情形及其他必要事項，要求再利用機構改以申請個案再利用許可進行申請。
個案及通案再利用許可之申請或展延，具下列情形之一者，本部應予駁回：
一、申請文件經通知限期補正，屆期未補正。
二、申請文件補正之總日數超過九十個工作日。
三、再利用許可申請期間，曾因違反環保法令受限期改善而屆期仍未完成改善、按日（次）處罰鍰、停工、停業、勒令歇業、撤銷或廢止許可證（文件），或涉及刑事責任移送司法機關。
四、經實質審查，不具再利用可行性。