本署掌理下列事項：
一、環境管理政策、法規之研擬、協調、推動、執行及督導。
二、一般廢棄物清除處理政策、法規之研擬、協調、推動、執行及督導。
三、環境衛生與環境營造政策、法規之研擬、協調、推動、執行及督導。
四、土壤及地下水污染整治政策、法規之研擬、協調、推動、執行及督導。
五、環境執法策略之擬訂、協調、推動、執行及督導。
六、一般廢棄物處理設施之規劃、管理、協調、執行及督導。
七、環境污染緊急應變與天然災害環境復原之規劃、協調、推動、執行及督導。
八、環境影響評估書件與審查結論監督之推動及執行。
九、土壤及地下水污染整治基金之收支、保管及運用。
十、其他有關環境管理事項。