生技醫藥公司同一課稅年度投資於全新機械、設備或系統之支出總金額達新臺幣一千萬元以上、十億元以下，得選擇以下列方式之一抵減應納營利事業所得稅額，並以不超過該公司適用抵減當年度應納營利事業所得稅額百分之三十為限：
一、以支出金額百分之五，自有應納營利事業所得稅之年度起，抵減當年度應納營利事業所得稅額。
二、以支出金額百分之三，自有應納營利事業所得稅之年度起，三年內抵減各年度應納營利事業所得稅額。
前項所定支出總金額，不包括政府補助款，並依下列規定認定之：
一、向他人購買取得者，指取得機械、設備或系統之價款、運費及保險費，不包括為取得該機械、設備或系統所支付之其他費用。
二、自行製造者，指生產該機械、設備或系統所發生之實際成本。
三、委由他人製造者，指委由他人生產該機械、設備或系統實際支付之價款、運費、保險費及自行負擔之部分生產成本，不包括為取得該機械、設備或系統所支付之其他費用。
生技醫藥公司投資於全新機械、設備或系統之支出，其投資年度之認定以全新機械、設備或系統交貨之年度為準。
第一項所稱有應納營利事業所得稅之年度，指生技醫藥公司所得稅結算申報有應納營利事業所得稅額，或申報無應納營利事業所得稅額經稅捐稽徵機關核定有應納營利事業所得稅額之年度。