本條例所稱主管機關：在中央為內政部；在直轄市為直轄市政府；在縣（市）為縣（市）政府；在鄉（鎮、市）為鄉（鎮、市）公所。
主管機關之權責劃分如下：
一、中央主管機關：
（一）祭祀公業制度之規劃與相關法令之研擬及解釋。
（二）對地方主管機關祭祀公業業務之監督及輔導。
二、直轄市、縣（市）主管機關：
（一）祭祀公業法人登記事項之審查。
（二）祭祀公業法人業務之監督及輔導。
三、鄉（鎮、市）主管機關：本條例施行前已存在之祭祀公業，其申報事項之處理、派下全員證明書之核發及變動事項之處理。
前項第三款之權責於直轄市或市，由直轄市或市主管機關主管。
本條例規定由鄉（鎮、市）公所辦理之業務，於直轄市或市，由直轄市或市之區公所辦理。
第二項未列舉之權責遇有爭議時，除本條例或其他法律另有規定者外，由中央主管機關會商直轄市、縣（市）主管機關決定之。