永續發展組分三科辦事，其職掌如下：
一、永續發展規劃科：產業永續發展策略之研擬與推動、工廠管理與督導、工業減廢與工業用水規劃之擬訂及輔導、產業永續發展事項之協調與推動、國際環境管理與職業安全衛生管理標準之應用推廣輔導等事項。
二、工安環保輔導科：工業安全衛生之技術輔導協助推動事項、工業污染防治措施之擬訂、推動、督導及技術輔導事項、工業環境影響評估之後續追蹤事項、污染防治優惠措施之建議及證明之核發事項、環境保護工業發展策略之擬訂與推動等事項。
三、工業廢棄物管理科：特殊事業廢棄物處理輔導、工業廢棄物資源化推廣輔導、工業廢棄物清理之輔導、工業廢棄物共同清除處理機構管理輔導、土壤及地下水污染整治輔導等事項。