秘書室職掌如下：
一、文書收發、公文檢核及檔案管理事項。
二、一般事務設備與消耗性物品之採購、管理及維修事項。
三、辦公廳舍保全、環境清潔、水、電、電話及消防之管理事項。
四、工友與技工之僱用、派遣、考核及管理事項。
五、行政作業外包人力採購及管理事項。
六、公務車輛之管理事項。
七、建築物、儀器及設施財產管理事項。
八、收款、付款、相關出納作業與保管金管理、統一發票及營業稅申報事項。
九、員工薪資管理與代付款扣款事項及各類所得稅之扣繳與全年所得之申報事項。
十、印信之蓋用及典守事項。
十一、機關防護事項。
十二、新聞處理及公共關係業務之推展事項。
十三、為民服務之執行及督導事項。
十四、行政法規之研究及國家賠償事件之彙整事項。
十五、防護團編組、訓練、演習及其他相關事項。