會計室職掌如下：
一、非營業基金及本機關預（概）算之籌編、報核及分配事項。
二、預算執行之控制、審核及財務之稽核，採購案件之監辦。
三、經費流用與歲入、歲出保留案件之彙編及報核事項。
四、會計簿籍之登記及會計憑證之編製、保管，及各項會計報告之編製與公告事項。
五、辦理年度決算。
六、現金、票據、有價證券及其他財物之查核事項。
七、推動公務統計及制定水利業務統計制度。
八、辦理職務上應用統計分析及專（個）案統計調查。
九、統計資料之管理、提供、發布及統計書刊之編印。
十、辦理主計人員之人事管理事項。
十一、其他有關歲計、會計及統計事項。