保育事業組掌理事項如下：
一、自來水法、溫泉法與其相關法規之制（訂）定、修正及解釋之擬議。
二、自來水水質水量保護區保育與回饋制度及溫泉資源保育、管理與技術之擬訂、推動及督導。
三、自來水水質水量保護區公告、變更之審議及督導。
四、無自來水地區供水改善計畫之擬訂、推動及督導。
五、自來水給水動員演訓、自來水管承裝商、技工與自來水事業技術人員考驗管理業務之擬訂、推動及督導。
六、節約用水策略與水庫蓄水範圍保育實施計畫之擬訂、推動、督導；省水標章之推廣及督導。
七、耗水費開徵制度之擬訂、推動及執行。
八、其他有關保育事業事項。