工程事務組掌理事項如下：
一、水利工程施工技術、施工規範、工程品質管理與檢（試）驗制度之擬訂、推動及督導。
二、水利工程工務行政制度、工程採購招標文件及工程契約之擬訂。
三、水利工程採購招標、履約管理、履約爭議、驗收、決算及工程移交之處理。
四、水利工程工務行政、工程進度、工程品質、職業安全衛生、職業災害防止與專案管理制度、規範、標準作業程序、環境保護、生態保育事項之擬訂及督導。
五、水利工程物價指數調整、營造保險等制度之檢討、擬訂、推動及督導。
六、水利工程技師業務之輔導。
七、本署施政計畫之管制、考核及協調。
八、水利工程減碳計畫之擬訂、推動及督導。
九、其他有關工程管理事項。