綜合企劃組掌理事項如下：
一、水利政策、組織、制度與相關事項之策劃、擬訂、推動及彙辦。
二、水領域因應氣候變遷減緩與調適策略之擬訂及推動。
三、水利法與水利法施行細則之制（訂）定、修正及解釋之擬議、其他部會法規影響水利業務推動之彙辦及分析。
四、國土及其相關計畫之會審、水利志工與團體之指導及推動。
五、本署國際合作、交流事務之推動與出國計畫之規劃及推動。
六、水利教育、宣導計畫之推動、執行與知識之管理及出版。
七、水利科技發展計畫之擬訂、規劃及管考。
八、本署施政計畫之研擬及成果彙辦。
九、其他有關綜合企劃事項。