本院設下列部、中心、科、室：
一、內科部，分七科辦事。
二、外科部，分七科辦事。
三、骨科部，分六科辦事。
四、婦女醫學部，分五科辦事。
五、影像醫學部，分八科辦事。
六、精神部，分四科辦事。
七、急診部，分四科辦事。
八、眼科部，分四科辦事。
九、耳鼻喉頭頸部，分三科辦事。
十、放射腫瘤部，分三科辦事。
十一、病理檢驗部，分八科辦事。
十二、家庭醫學部，分三科辦事。
十三、麻醉部，分四科辦事。
十四、口腔醫學部，分六科辦事。
十五、重症醫學部，分三科辦事。
十六、泌尿醫學部，分三科辦事。
十七、復健醫學部，分三科辦事。
十八、傳統醫學部，分三科辦事。
十九、胸腔部，分五科辦事。
二十、毒物醫學部，分二科辦事。
二十一、腫瘤醫學部，分三科辦事。
二十二、藥學部，分三科辦事。
二十三、護理部。
二十四、教學部，分二科、二組辦事。
二十五、醫學研究部，分三科辦事。
二十六、醫務企管部，分五組辦事。
二十七、門診部，分二科辦事。
二十八、醫學工程部，分三組辦事。
二十九、數位醫學部，分二科辦事。
三十、兒童醫學中心，分十科辦事。
三十一、神經醫學中心，分九科辦事。
三十二、心臟血管中心，分十一科辦事。
三十三、高齡醫學中心。
三十四、品質管理中心，分二科辦事。
三十五、感染管制中心。
三十六、國際醫療中心，分二科一組辦事。
三十七、健康管理中心，分三科辦事。
三十八、遠距醫療中心，分二科辦事。
三十九、核醫科。
四十、皮膚科。
四十一、營養室，分二組辦事。
四十二、社會工作室，分二組辦事。
四十三、公共事務室，分二組辦事。
四十四、職業安全衛生室。
四十五、工務室，分三組辦事。
四十六、補給室，分三組辦事。
四十七、總務室，分三組辦事。
四十八、人事室，分三組辦事。
四十九、政風室，分二組辦事。
五十、主計室，分四組辦事。
五十一、資訊室，分四組辦事。