基金預算處掌理事項如下：
一、籌編附屬單位預算所需事實之調查、增進經營與財務效能之研究及建議。
二、附屬單位預算籌編原則、事業計畫總綱、預算編製辦法及預算書表格式之研訂。
三、附屬單位預算之審核、綜計及彙編。
四、附屬單位預算執行及特種基金管理相關法規之擬訂。
五、附屬單位預算固定資產投資、資金轉投資、長期債務舉借與償還計畫之評估及成本效益分析。
六、附屬單位預算執行情形之督導、調查、分析及考核。
七、直轄市、縣（市）政府附屬單位預算編製及執行之監督。
八、行政法人、各機關經管信託基金及政府捐助成立之財團法人預算相關事項。
九、辦理附屬單位預算業務人員之指揮及監督。
十、其他有關附屬單位預算事項。