輻射防護處分設六科，各科掌理事項如左：
一、保健物理科：
（一）核子設施之輻射安全管制規範研訂事項。
（二）核子設施工作人員劑量評估、管制及合理抑低方案之審查事項。
（三）核子設施場區內輻射防護作業審核及稽查事項。
（四）核子設施放射性氣體、液體排放之管制及督導事項。
（五）核子設施放射性物質及放射性廢料貯運之輻射防護之稽查與督導事項。
（六）核子設施之輻射安全評估報告審查事項。
（七）核子事故緊急輻射偵測工作之評估及督導事項。
（八）核子設施相關偵檢文件之核發事項。
（九）輻射防護人員之資格認可事項。
（十）其他有關核子設施輻射安全管制及督導事項。
二、醫用科：
（一）醫用放射性物質及可發生游離輻射設備之輻射劑量評估及管制事項。
（二）醫用放射性物質及可發生游離輻射設備安全規範之規劃及管制事項。
（三）醫用放射性物質及可發生游離輻射設備查驗登記之輻射安全審查事項。
（四）醫用放射性物質及可發生游離輻射設備操作人員考試資格之審查及執照之核發事項。
（五）醫用放射性物質及可發生游離輻射設備之生產、輸入、輸出、安裝、改裝、使用、轉讓、停用、廢棄及運送等管制事項。
（六）醫用放射性物質、可發生游離輻射設備與使用場所、貯存場所輻射安全評估及防護檢查有關事項。
（七）醫用放射性物質及可發生游離輻射設備執照核發事項。
（八）醫用游離輻射意外事故之評估及處理之督導事項。
（九）其他有關醫用游離輻射之管制事項。
三、非醫用科：
（一）非醫用放射性物質及可發生游離輻射設備安全規範之規劃及管制事項。
（二）非醫用放射性物質及可發生游離輻射設備執照之核發事項。
（三）非醫用放射線從業人員輻射防護能力之測驗事項。
（四）非醫用放射線從業人員操作執照之核發事項。
（五）非醫用放射性物質及可發生游離輻射設備之生產、輸入、輸出、安裝、改裝、使用、轉讓、停用、廢棄及運送等管制事項。
（六）非醫用放射性物質、可發生游離輻射設備與使用場所、貯存場所之輻射安全防護措施及作業程序之稽查事項。
（七）非醫用游離輻射意外事故之評估及處理之督導事項。
（八）其他有關非醫用游離輻射管制事項。
四、環境科：
（一）核子設施環境輻射安全規範之規劃及其管制事項。
（二）核子設施環境輻射偵測計畫及報告之審查及管制事項。
（三）核子設施及放射性廢料貯存、處置場所環境輻射稽查及管制事項。
（四）核子設施環境保護及環境輻射防護技術研究之推動及輔導事項。
（五）核子設施環境影響評估審查及考核事項。
（六）環境輻射安全之評估及管制事項。
（七）全國環境輻射及放射性落塵之督導及管制事項。
（八）其他有關環境輻射管制事項。
五、輻安評估科：
（一）天然放射性物質管理之督導及管制事項。
（二）民生相關物資放射性含量之督導及管制事項。
（三）輻射意外事故之評估及處理之督導事項。
（四）國內、外輻射異常事件之資料蒐集分析彙整事項。
（五）全國輻射從業人員輻射劑量之管制事項。
（六）輻射污染建築物之善後處理相關事項。
（七）輻射污染建築物之防範措施相關事項。
（八）輻射污染建築物居民之健康檢查及其後續追蹤相關事項。
（九）其他有關輻射安全評估事項。
六、標準科：
（一）輻射防護之相關法規、技術規範及指引之擬訂及修訂事項。
（二）輻射防護法規之解釋及宣導事項。
（三）輻射防護管制技術交流與資料之蒐集、分析及管理事項。
（四）輻射防護安全諮詢委員會業務之推行事項。
（五）輻射防護管制技術委託研究計畫之作業及管制事項。
（六）輻射防護管制業務之績效統計、分析及後續工作之追蹤事項。
（七）輻射防護管制專業人員訓練及各種執照之測驗事項。
（八）游離輻射安全服務業有關輻防作業之督導及管制事項。
（九）輻射計測技術之認證及推廣督導事項。
（十）其他輻射防護管制規範之相關業務事項。
（十一）不屬於本處其他各科之事項。