秘書室分設四科，掌理下列事項：
一、第一科：
（一）機要文件登記、送轉、撰擬處理、整理與保管。
（二）長官接見賓客協調、聯繫與接待。
（三）長官辦公室事務處理。
（四）其他有關機要業務。
二、第二科：
（一）本會向立、監兩院之「業務報告」、備（質）詢資料及書面質詢回
覆綜整作業。
（二）本會監委巡察綜辦作業。
（三）上級及本會重要工作（政令）綜合作業。
（四）「主委月會講話」參考資料撰提。
（五）本會中長程計畫綜合編審作業。
（六）本會「委員會議」業務綜辦作業。
（七）本會年終工作檢討會綜辦作業。
（八）本會年鑑編撰及行政院公報刊行管制。
（九）本會史政、年鑑編撰及文史綜辦作業。
（十）本會會史館業務之策劃辦理作業。
（十一）本會緊急公務通報處理綜辦作業。
（十二）本會及所屬機關（構）分層負責策劃實施作業。
（十三）本會各處室業務劃分綜合作業。
（十四）本會圖書資料蒐集、購置、分類、管理、借閱管制等作業。
（十五）本會消費者保護業務之推動及管制。
（十六）法制再造工作圈推薦評選。
（十七）「全民防衛動員」業務綜辦作業。
（十八）秘書室主政之重要會議議事與紀錄。
三、第三科：
（一）行政院、監察院重要管制案件及立法院業務報告委員質詢案件之追
蹤管制與彙整。
（二）行政院暨本會研考業務協調會報。
（三）行政院院長、主任委員民意電子信箱之管制。
（四）行政院行政知識分類架構推動管制。
（五）研考制度推行及研考法規擬訂。
（六）為民服務工作、服務品質獎及ISO國際品質認證策劃推動考核。
（七）研究發展工作項目審定、成果評審獎勵與年報編印。
（八）本會暨所屬機關（構）年度施政方針及計畫編審、作業協調、施政
計畫分級列管之選項管制考評及獎懲。
（九）本會暨所屬機關（構）年度工作考成、施政績效評估，考評作業及
獎懲。
（十）本會暨所屬機關（構）出國人員出國報告書審查核轉。
（十一）本會每週（每日）重要工作預定（協調）編排及公告。
（十二）本會出版品規劃、管理及統一編號。
（十三）本會公文查催暨所屬機關（構）公文處理速度考評。
（十四）長官交辦案件、重要會議（會報）指示事項及有關研考之重要案
件執行追蹤管制彙報。
（十五）行政機關風險管理推動管制。
（十六）人民陳情案件之彙整管制。
（十七）人權保障工作之推動管制。
（十八）本會榮民服務白皮書編撰。
四、第四科：
（一）文書處理法規釐訂及執行。
（二）文件之收發、登記及分文。
（三）關於印信保管事項。
（四）一般文書及隨文附發之各種獎狀、聘書、證明書等用印。
（五）依法規定應蓋用印信之文件含契約案、訴訟案、財產案及不辦文稿
用印。
（六）發文代字編擬。
（七）檔案管理作業規劃、執行及考核。
（八）檔案之點收、立案、編目及入庫管理。
（九）檔案之清查、銷毀及檢調。
（十）檔案之目錄彙送、縮影及機密檔案管理。
（十一）所屬機關（構）檔案業務規劃督導。
（十二）其他有關文書及檔案管理事項。