巡防組分設三科，各科掌理事項如下：
一、海洋勤務科：
（一）關於海域巡防勤務、業務之規劃、執行、督導及考核事項。
（二）關於直屬船隊及各海巡隊（以下簡稱各級隊）之勤務人力、艦艇調
配及轄區劃分事項。
（三）關於各級隊人力，裝備需求之建議事項。
（四）關於各項勤務簿冊之規劃、設計事項。
（五）關於海上聚眾活動之處理事項。
（六）關於戰時巡防工作之規劃、執行、督導及考核事項。
（七）關於配合安全檢查業務之執行事項。
（八）關於特種勤務與警衛任務之聯繫、規劃及督導事項。
（九）其他有關巡防業務事項。
二、情報通聯科：
（一）關於情報工作之規劃、執行、督導及考核事項。
（二）關於情報調查資料之規劃、督導、蒐集處理及考核事項。
（三）關於情報教育之規劃、執行、督導及考核事項。
（四）關於情蒐網路拓展機制之規劃、執行、督導及考核事項。
（五）關於國家安全偵防之規劃、執行、督導及考核事項。
（六）其他有關漁民服務事項。
三、國際事務科：
（一）關於海上涉外事務處理、協調及協助調查事項。
（二）關於海上涉外案件處理之規劃、督導及協助調查事項。
（三）關於國際情報工作之規劃、執行、督導及考核事項。
（四）關於與他國海上執法機關或相關機關聯繫及合作事項。
（五）關於國際海事法規適用之研究與處理事項。
（六）關於外（國）賓邀訪、禮賓接待及外事聯繫事項。
（七）其他有關涉外事務事項。