巡防處掌理下列事項︰
一、關於海域、海岸巡防重要政策之釐訂、考核及研修事項。
二、關於海域、海岸勤務規劃、執行、督導計畫之策頒及考核事項。
三、關於海域、海岸事務處理計畫之策頒及督考事項。
四、關於非通商口岸、漁港之入出人員、物品與運輸工具安全檢查、管制計畫之策頒及督考事項。
五、關於海域、海岸犯罪之偵防事項。
六、關於海岸管制區管制政策之釐定及研修事項。
七、關於海域、海岸執勤人員訓練計畫之策頒及督考事項。
八、關於海上救難及護漁之督導事項。
九、關於海域、海岸巡防及國防事務權責劃分之協調事項。
十、其他有關巡防事項。