巡防處分設五科，各科掌理事項如下：
一、綜合規劃科：
（一）關於共同性巡防政策之彙整事項。
（二）關於巡防法規、準則、作業程序之綜合事項。
（三）關於共同性巡防事務處理計畫之策頒事項。
（四）關於全民防衛動員業務相關事項。
（五）關於巡防業務之各項會報資料之綜整事項。
（六）關於立法院院會巡防類備詢資料之相關事項。
（七）關於監察院巡察之巡防類資料綜合相關事項。
（八）關於本處年報相關資料之綜整事項。
（九）關於本處預算編製、執行管制事項。
（十）關於本處公文收發、管制、歸檔等作業事項。
（十一）關於本處不屬其他各科掌理綜合事項。
二、海域執法科：
（一）關於海域巡防政策之擬訂、考核及研修事項。
（二）關於海域巡防任務演習事項。
（三）關於海域巡防勤務規劃、執行之指（督）導事項。
（四）關於海空聯巡作業之指（督）導事項。
（五）關於海域執法作業規範之增（修）訂事項。
（六）關於海域交通秩序管制、維護及海上船舶碰撞糾紛處理之指（督）
導事項。
（七）關於漁業巡護及資源維護有關事項。
（八）關於海難救護及海洋災害救護之指（督）導事項。
（九）關於海洋環境保護及保育之指（督）導事項。
（十）關於與交通部、行政院環境保護署協調聯繫相關事項。
（十一）關於海域巡防之海務類裝備維護及管理之指（督）導事項。
（十二）其他有關海域巡防與海事服務事項。
三、安檢勤務科：
（一）關於岸際巡防政策之擬訂、考核及研修事項。
（二）關於入出通商口岸安全檢查之指（督）導事項。
（三）關於入出非通商口岸安全檢查之指（督）導事項。
（四）關於岸際巡防之海務類裝備維護及管理之指（督）導事項。
（五）關於岸際巡防單位調整之審核與指（督）導事項。
（六）關於協助大陸船員岸置事務之指（督）導事項。
（七）關於傳染性疫病防處之巡防勤務指（督）導事項。
（八）關於與財政部、農委會協調聯繫相關事項。
（九）關於海岸管制區之相關事項。
（十）其他有關岸際巡防勤務事項。
四、安全防護科：
（一）關於視導行程規劃及特種警衛勤務協調事項。
（二）關於各項災害防（救）護及緊急應變事項。
（三）關於海巡單位人員、駐地整體安全防護事項。
（四）關於海域、海岸反恐怖活動及國際商港之安全維護事項。
（五）關於配合國軍協同作戰演訓事項。
（六）關於東南沙防衛武器運用及登島訪視相關事項。
（七）關於海岸巡防機關器械運用指（督）導事項。
（八）關於配合國家永續發展及非核家園各項計畫推動事項。
（九）關於特種勤務計畫審查及指（督）導事項。
（十）關於與國防部協調聯繫相關事項。
（十一）其他有關安全防護事項。
五、教育訓練科：
（一）關於本署教育訓練政策規劃、指導及策頒事項。
（二）關於本署教育訓練發展審查會相關作業事項。
（三）關於本署教育訓練需求整合及規劃事項。
（四）關於教育訓練督（測）考全般事項。
（五）關於教育訓練成效檢討相關事項。
（六）關於體育、服勤犬業務及射擊通報相關事項。
（七）關於司法警察專長訓練事項。
（八）關於海安演習事項。
（九）關於教育訓練之海務類裝備維護及管理之指（督）導事項。
（十）關於船艇專業訓練之指（督）導事項。
（十一）其他有關教育訓練事項。