動物檢疫課掌理下列事項：
一、輸出入動物與畜、禽、水產品及其他動物檢疫物之檢疫。
二、輸出入肉品之檢查及其證明書之簽發、查核及管理。
三、輸出入隔離留檢動物之檢疫與隔離場所之勘查、輔導及管理。
四、輸出入動物及其產品之產地檢疫。
五、輸出入動物及其產品檢疫證明書之簽發及查核。
六、輸出入感染或污染疫病動物及其產品之處理。
七、動物檢疫燻蒸、消毒設施之維護及管理。
八、動物防疫檢疫法規、程序、標準與方法之研究改進及建議。
九、動物疫病疫情之蒐集及報告。
十、協助督導地方農業主管機關辦理動物防疫。
十一、其他有關動物之防疫、檢疫執行事項。