資訊室掌理資料處理事項。分設三股，各股之職掌如左：
一、第一股：
(一) 電腦機房、硬體設備及相關通訊網路之管理及維護。
(二) 協助電腦及相關設備驗收事項。
(三) 資訊作業有關年度概算之編製。
(四) 套裝軟體之管理。
二、第二股：
(一) 進口、出口、轉運轉口通關作業系統之推動與輔導。
(二) 海運貨物通關自動化連線報關磁卡之製作。
三、第三股：
(一) 公文收發等總務工作。
(二) 交易代碼安全控管。
(三) 「不屬於准許間接進口大陸產原料錄案」資料登錄。
(四) 進口、出口、轉運轉口通關作業系外系統之推動與輔導。