出口課掌理出口貨物通關事宜。分設四股：各股之職掌如左：
一、業務股：
(一) C2、C3 及未連線報單之收單、分類估價、銷證及放行。
(二) 出口貨物退關、註銷及轉船案件之處理。
(三) 三角貿易案件之處理。
(四) 出口貨物違章及行政救濟案件之處理。
(五) 仿冒商標及偽標產地案件之處理。
(六) 違反保護智慧財產權案件之處理。
二、審核理單股：
(一) 出口報單之審核。
(二) 出口報單之整理、歸檔、借調、追蹤及銷毀。
(三) 理單清表之列印。
三、簽證股：
(一) 出口報單副本之核發。
(二) 出口報單副本之受理申請補發。
(三) 出口報單副本申報錯誤之更正、加註。
(四) 外銷品因故復運進口案件之處理。
四、報關行管理股：
(一) 報關行、運輸業、進出口貨棧、貨櫃集散站之設立登記及管理。
(二) 其他行政事項之辦理。