資訊室掌理資料處理事項。分設三股，各股之職掌如左：
一、第一股：
(一) 進口通關作業系統之作業輔導與執行。
(二) 進口貨物通關自動化相關作業事項之推動與執行。
(三) 人事薪資、保證金處理、法務、保稅稽銷、徵課會計、查緝走私情
報等系統之研究發展與作業執行。
(四) 旅客通關各項系統之研究發展與作業執行。
(五) 資訊作業使用者識別碼及程式安全控管。
(六) 其他有關通關作業交辦事項。
二、第二股：
(一) 電腦週邊設備及通訊網路之管理及維護。
(二) 旅客通關各項系統之研究發展與作業執行。
(三) 本局主機系統檔案之備授與使用管制。
(四) 電腦機房環境與機器設備之管理維護。
(五) 電腦及其相關設備耗材之控管事項。
(六) 端末機及端末印表機之調配管制。
(七) 電腦相關設備租購事宜。
(八) 其他有關硬體設備交辦事項。
三、第三股：
(一) 出口通關作業系統之作業輔導與執行。
(二) 出口貨物通關自動化相關作業事項之推動與執行。
(三) 公文管理、樣品管理、出口商標、緝案等系統之研究發展與作業執
行。
(四) 旅客通關各項系統之研究發展與作業執行。
(五) 報關磁卡製作及控管。
(六) 年度關務資訊計畫需求審議。
(七) 資訊作業有關年度概算之編製。
(八) 資訊稽核及災變計畫之配合執行。
(九) 一般行政管理及其他交辦事項。