綜合規劃科掌理規劃設計、管制考核及各稅審查案件之複核等事宜。其職
掌如下：
一、規劃設計股：
（一）本局業務方針、年度及中長程施政計畫之研訂、彙編及管制作業。
（二）各稅稽徵程序、稽徵技術及相關業務等創意提案暨研究發展之推行
及彙辦。
（三）各單位管理目標之編擬。
（四）財政部及本局稽徵業務考核暨相關作業。
（五）各單位人力配置方案之擬定。
（六）參與暨建議制度作業。
（七）各項稽徵作業之協調及聯繫。
（八）重要會議之籌辦相關作業。
（九）本局內部企業網路及知識管理平台之規劃作業。
（十）各項稅源及稅收資料之蒐集與分析。
（十一）開拓稅源防止逃漏研議工作之聯繫及彙辦。
二、管制考核股：
（一）公務分層負責明細表之增、修訂及維護作業。
（二）財政年報之編擬。
（三）業務作業手冊及查核技術手冊之增、修訂與維護。
（四）公文處理作業手冊及定型函稿之增修訂與維護。
（五）審計部通知處理事項之列管及彙辦。
（六）公文系統管理、維護及執行績效管理（含稽催管制、公文檢核）。
（七）行事曆編修及管制作業。
（八）稅務獎勵金核發作業。
（九）本局出版品及圖書資料庫之管理。
（十）局務會報、主管會報之籌辦及列管作業。
（十一）選查案件之派查、管制及稽催。
（十二）選查案件工作底稿、帳簿憑證之點收及歸還。
（十三）複核及選案業務績效統計。
三、營利事業所得稅、營業稅案件之複核。
四、綜合所得稅執行業務所得暨其他所得案件、個案調查案件查審案件之
複核。
五、遺產稅、贈與稅申報案件查審案件之複核。
六、違章檢舉查緝案件之複核。
七、聲復審計部抽查案件之複核。
八、貨物稅及證券交易稅稽徵業務之複核。
九、上級交辦應行稽核案件之查核。
十、特種貨物及勞務稅案件之複核。
十一、稅務法令之研究及建議。
十二、各稅專案之查核。
十三、選查資料之蒐集與彙整。