綜合規劃科掌理各稅審查案件之複核及企劃研考等事宜。其職掌如下：
一、營利事業所得稅、營業稅案件之複核。
二、綜合所得稅執行業務所得案件、個案調查案件審查報告之複核。
三、遺產稅、贈與稅申報案件審查報告之複核。
四、違章檢舉查緝案件之複核。
五、遺產稅、贈與稅櫃台化案件之抽核。
六、外僑稅務案件之抽核。
七、貨物稅、菸酒稅、證券交易稅及期貨交易稅稽徵及退稅案件之抽核。
八、各稅專案之查核。
九、審計部抽查案件且調整達一定金額以上之複核。
十、上級交辦應行稽核案件之查核。
十一、配合稅務法令之研究及建議。
十二、選查案件之稽催及管制。
十三、選查案件之派查。
十四、選查案件工作底稿、帳簿憑證之檢收及發還。
十五、單位公文之收發及催辦。
十六、績效統計。
十七、各稅稽徵程序、稽徵技術及相關業務等研究發展之推行及彙整。
十八、協調各單位辦理稽徵業務檢討作業。
十九、稅務文獻及國際租稅資料之蒐集、整理、研究暨編印。
二十、簡化各稅納稅手續及稽徵程序之推行及彙辦。
二十一、自動化作業之協調及評估。
二十二、稽徵作業手冊及公務分層負責明細表之增、修訂。
二十三、各單位人力配置方案之研擬。
二十四、本局業務方針、工作計畫（含先期作業）、中長程發展計畫之訂
定及彙編。
二十五、各項稽徵作業之協調及聯繫。
二十六、重要會議之籌辦及記錄。
二十七、工作報告之編擬。
二十八、各項稅源及稅收統計之分析與研究。
二十九、各單位管理目標之編擬。
三十、開拓稅源防止逃漏研議工作之聯繫及彙辦。
三十一、彙陳稅收預測暨加強稽徵方案之研擬。
三十二、行事曆之編修訂、管制、檢查及考核。
三十三、重要業務及交辦案件之管制。
三十四、本局稽徵績效之評估、考核。
三十五、上級機關稽徵業務考核事項之聯繫及彙辦。
三十六、審計部抽查案件之管制及其查核結果處理情形之彙辦。
三十七、稽徵業務績效考核標準之編訂。
三十八、公文之檢核。
三十九、各單位公文收發作業之考核。
四十、部次長指示交辦事項追蹤管制作業。
四十一、其他行政事項之處理。
前項第十七款至第四十一款業務得設研考股辦理之。