本署掌理下列事項：
一、關務政策之規劃、推動、督導及關務法規之擬訂。
二、關稅稅則、稅率政策與制度之規劃及進口稅則分類案件之處理。
三、貨物通關、稅費徵免與代徵、邊境管理之代辦及通關相關業者之管理。
四、查緝走私、邊境管制、情資分析、風險管理、緝毒犬隊建置等查緝業務之規劃、執行及督導。
五、退稅、保稅區、免稅區關務業務政策之規劃、推動及督導。
六、關務資訊業務之規劃、推動、執行及督導。
七、貨物價格調查與事後稽核業務之規劃、執行及督導。
八、關務統計業務之規劃、推動及執行。
九、其他有關關務事項。