資訊室掌理資料處理事項。分設三股，各股之職掌如左：
一、第一股：
(一) 貨物通關自動化相關作業事項之推動與執行。
(二) 海空運進、出口、轉運 (口) 貨物通關系統電腦作業之輔導與執行
。
(三) 貨櫃追蹤查核系統電腦作業之輔導與執行。
(四) 其他有關本局電腦作業之輔導。
(五) 一般行政及庶務管理事項。
二、第二股：
(一) 局區性作業系統計畫方案之擬訂。
(二) 系統設計與程式撰寫。
(三) 作業系統之檔案更新與維護。
(四) 其他有關自行開發系統交辦事項。
三、第三股：
(一) 電腦及其相關設備之操作、管制及運用。
(二) 各系統檔案之運用與管制。
(三) 電腦機房環境與機器設備之管理維護。
(四) 電腦作業材料之管制。
(五) 電腦機器時效及檔案狀態之報告。
(六) 端末機及印表機等設備之調配管制。
(七) 電腦相關設備租購事宜。
(八) 電腦資料之輸入、印表。
(九) 其他有關電腦網路系統及其相關設備之規劃與管理事項。