園區事業應每年盤存一次，每二年會同會計師盤存一次，並於年度盤存前編列保稅原料、物料、半製品、成品及機器、設備以及供貿易用成品盤存清冊、盤存卡，以憑查核。但盤存清冊所列保稅貨品，如有固定儲位，並以電腦控管或採自動倉儲盤存時，得依分區按儲位依序列印盤存清冊者，得免附盤存卡。
經海關認證為安全認證優質企業或保稅帳冊製作完善，保稅貨品管理健全之園區事業，得於會同會計師盤存之年度盤存日或盤存期限屆滿日一個月前，向海關申請免會同會計師盤存；海關應於接到申請書後，按所列項目（如附表二）詳實評定，其評分結果達八十五分以上者，該年度准予免會同會計師盤存。
園區事業以研究發展為主要業務且保稅貨品僅有機器、設備者，免會同會計師盤存。
第一項之會計師，以依會計師代理所得稅事務辦法規定核准登記為稅務代理人有案之會計師為限。
具自行點驗進出區及按月彙報資格之園區事業，於年度盤存，其由會計師辦理及簽證者，得免會同海關辦理。由會計師簽證之年度結算報告表，海關得免審核。
園區事業得於盤存日一個月前向海關申請辦理假日盤存。