企劃組掌理事項如下：
一、動植物防疫檢疫年度施政方針、施政計畫、業務報告與專案業務之研擬、規劃、協調、執行及監督。
二、動植物防疫檢疫施政計畫、重大計畫、專案計畫與交辦事項之管考及查核。
三、動植物防疫檢疫個案計畫之管制及評核。
四、動植物防疫檢疫科技計畫研提管理之統籌、協調、執行及監督。
五、動植物防疫檢疫科技研發成果推廣管理之統籌、協調、執行及監督。
六、動植物防疫檢疫之國際雙邊、多邊諮商、合作與交流事務之統籌、協調、推動及監督。
七、國際動植物防疫檢疫相關經貿組織事務之統籌、協調、推動及監督。
八、兩岸動植物防疫檢疫事務之統籌、協調、推動及監督。
九、國會聯繫、媒體交流、公關行銷之規劃及推動；研考、災害防救業務之統籌及協調。
十、其他有關企劃事項。