植物防疫組掌理事項如下：
一、植物防疫與農藥管理政策、法規之規劃、研擬、管理及監督。
二、特定疫病蟲害緊急防治措施之規劃、訂定、推動及監督。
三、特定疫病蟲害共同防治措施之規劃、訂定、執行及監督。
四、特定疫病蟲害監測、分析、研判、預警、通報之規劃、訂定、執行及監督。
五、植物防疫技術、農藥檢查、檢驗之研究發展與引進之規劃及推動。
六、農藥製造、加工、輸出入、販賣、使用、證照核發之審核、管理及監督。
七、農藥檢驗、抽驗業務之規劃、協調及監督。
八、植物防疫與農藥管理諮商談判之參與及配合。
九、植物防疫與農藥專業人員管理政策、法規之規劃、研擬、管理及監督。
十、其他有關植物防疫事項。