本所掌理下列事項：
一、水產生物、生態之調查與復育、漁場環境、漁業資源、技術及經營之研究。
二、水產生物之遺傳、育種、生理、繁養殖技術、生物技術、基因資源、生物資訊及疾病防治之研究。
三、水產生物之營養需求、飼料與添加物、餌料生物及微生物應用之研究。
四、水產生物之加工、保鮮、機能成分與資源循環再利用之研究及品質檢驗。
五、水產技術研發成果保護、管理及跨域整合之應用。
六、水產技術之教育推廣、人才培育、企業育成與國內、外技術交流及合作。
七、漁業試驗船、水產基因改造隔離試驗設施、水產生物種原庫、水產品檢驗中心與附設水族館之營運規劃及管理。
八、其他有關水產試驗研究事項。