本所掌理下列事項：
一、農作物與食（藥）用菌類生理、遺傳、育種、栽培、營養管理、採收後處理之試驗研究及農場經營管理。
二、遺傳資源管理與運用、農作物分子遺傳、生物技術及農產品加值之試驗研究。
三、農作物有害生物診斷鑑定、偵查、監測、生理生態與整合性管理之相關試驗研究及運用。
四、農業環境資源調查、監測、管理、有機農業與農業生態、永續農業耕作系統及原住民農業之試驗研究。
五、農業機械與工程、農業設施及農業氣象之試驗研究。
六、農業經營人才培育、農企業育成輔導、技術服務與國際合作之研究、規劃及執行。
七、所屬機構之督導、協調及推動。
八、其他有關農業試驗研究事項。