農業金融管理組掌理事項如下：
一、農業金融政策之規劃、研擬、管理及監督。
二、農業金融體系監理業務與存款保險制度之協調及聯繫。
三、農業金融法規之研擬、修訂及解釋。
四、農業金融機構本分支機構及營業場所外自動化服務設備之管理。
五、金融檢查事項之處理、協調與違反農業金融法規之取締及處分。
六、農業金融機構重大突發缺失事件之處理及安全維護。
七、農漁會信用部整頓、合併及賠付專款之執行。
八、農業金融機構資料之蒐集、分析與金融預警措施及防制洗錢作業之擬定、推動。
九、全國農業金庫公股股權之管理、協調與公股代表之遴派及考核。
十、其他有關農業金融管理事項。