本基金之運用，依左列程序辦理：
一、投資於公債、庫券、公司債、金融債券、銀行保證之商業票據之時機、種類、金額等，應先提經監理會核通過，到期續購或出售應用時亦同。
二、貸放特約公立醫療機構整修擴建農保病房之用時，其貸放對象、金額、收回貸款方式、整修擴建計畫等，應先提經監理會審核通過。
三、投資於自設醫療機構或其他有利於本基金收入之事業，應將投資計畫包括設置地點、投資金額、經營方式及投資基金收回方式等，先提經監理會核通。
四、存放銀行之定期（優利）存款，應將存儲於國家銀行及直轄市行庫之比例，先提經監理會審核通過。