前條第一款資本投資支出成本之計算，得以設施總成本按財政部依所得稅法所定之固定資產耐用年數折舊或設施設計使用年限攤提。
前條第二款一次性支出成本之計算，以相關支出總成本計算。
違反本法義務人已改善、補正其應支出者，前二項消極利益之計算，僅計算其因遲延支出所獲利息之所得利益。
前條第三款經常性支出成本，與廢（污）水量或污泥量有關者，得以違法水量或污泥短少量計算：
一、依違法水量計算：
違法水量（立方公尺）×單位廢水處理成本（元／立方公尺）＋其他年支出費用（元），分別說明如下：
（一）違法水量＝應產生水量－實際處理水量，分別說明如下：
1.用水量資料完整者，應產生水量＝用水量×（許可應經處理廢（污）水量÷許可用水量）；用水量資料不完整者，應產生水量＝產品量×（許可應經處理廢（污）水量÷許可產品量）；受有利益人屬未依本法取得水污染防治許可證（文件）者，其應產生水量依該業別全國水污染防治許可證（文件）登記之前百分之五十之每日核准排放量平均值及所得利益計算期間違法日數認定之。
2.實際處理水量為主管機關查核確認實際已完成處理之水量。但查核未能確認者，主管機關得依定期申報廢水量認定之。
3.主管機關得依查核受有利益人之運作情形，以合理之其他計算方式認定之。
（二）單位廢水處理成本指處理每單位廢水所應支出之電力、燃料、藥品及材料使用、污泥清除處理、廢（污）水委託處理、污水下水道使用等之費用成本。
二、依污泥短少量計算：
污泥短少量（公斤）單位污泥之廢水處理成本（元／公斤）＋其他年支出費用（元），分別說明如下：
（一）污泥短少量＝應產生污泥量（公斤）－實際污泥產生量（公斤），分別說明如下：
1.前述應產生污泥量＝應產生水量×（許可污泥產生量÷許可應經處理廢（污）水量）；受有利益人屬未依本法取得水污染防治許可證（文件）者，其應產生污泥量＝廢（污）水量（立方公尺）×處理每單位廢水所產生初始污泥、生物污泥及化學污泥之理論乾污泥量（公斤／立方公尺）÷（1－污泥含水率）。
2.實際污泥產生量為主管機關查核確認實際已完成處理之污泥量。但查核未能確認者，主管機關得依定期申報污泥量認定之。
3.主管機關得依查核受有利益人之運作情形，以合理之其他計算方式認定之。
（二）單位污泥之廢水處理成本指產生每單位污泥所應支出之電力、燃料、藥品及材料使用、污泥清除處理、廢（污）水委託處理、污水下水道使用等之費用成本。
三、前二款之其他年支出費用指每年應支出之設備更新或改善、人事、檢測申報、水質（量）自動監測（視）、連線傳輸設施操作維護及其他經主管機關認定之相關經常性支出等之費用成本。
前條第三款經常性支出成本，與廢（污）水量或污泥量無關者，依其違法行為相關事證，推估所需支出之人事費、電費、差旅費、監（檢）測、紀錄、申報、藥品及材料使用費等符合本法義務所應支出之費用。