食品及食品添加物查驗登記等相關審查費、證書費收費標準如下：
一、錠狀膠囊狀食品之查驗登記，每件新臺幣四千元。
二、食品添加物之查驗登記，每件新臺幣六千元。
三、特殊營養食品之查驗登記，分別如下：
（一）嬰兒與較大嬰兒配方食品：每件新臺幣三千元。
（二）特定疾病配方食品：每件新臺幣六萬元，其行審查會議程序者，每件加收新臺幣十四萬元。
四、基因改造食品原料之查驗登記，每件新臺幣二十五萬元。
五、食品添加物及錠狀膠囊狀食品之許可證（許可文件）展延、變更、遺失補發、移轉、污損換發，每件新臺幣四千元；變更登記之申請以項目計費，其中屬製造廠名稱、申請商名稱與地址或負責人之變更者，檢附所有許可產品清冊，並載明許可字號、產品中文名稱及許可文件有效期限，得以一件計。
六、特殊營養食品之許可證（許可文件）展延、變更、遺失補發、移轉、污損換發，每件新臺幣四千元；變更登記之申請，屬同一許可證之不同登記項目變更，或不同許可證之相同登記項目變更者，其收費均以一件計。
七、基因改造食品原料之許可證變更登記、展延者，每件新臺幣六千元；變更登記之申請以項目計費，其中屬製造廠名稱、申請商名稱與地址或負責人之變更者，檢附所有許可產品清冊，並載明許可字號、產品中文名稱及許可文件有效期限，得以一件計。
八、基因改造食品原料之許可證遺失補發、污損換發、移轉者，每件新臺幣八千元。
九、食品、食品添加物查驗登記核發、換發、補發之許可證，每件新臺幣一千五百元。
十、食品、食品添加物自由銷售證明、檢驗報告申請案之書面審查，每件新臺幣二千元。
十一、食品、食品添加物衛生證明、加工衛生證明申請案之書面審查，每件新臺幣二千四百元。
十二、食品、食品添加物加工衛生證明申請案之速件書面審查，每件新臺幣三千元。
十三、食品、食品添加物衛生證明、加工衛生證明、檢驗報告申請案之實地查核或抽驗，每件新臺幣四千六百元。（本款費用未包含實驗室之檢驗費用）
十四、食品、食品添加物自由銷售證明、檢驗報告、衛生證明、加工衛生證明書，正本每件新臺幣一千元，副本每份新臺幣一百元。