書記處設紀錄科、執行科、文書科、研究考核科、總務科、資料科及訴訟輔導科。各科置科長一人負責指揮監督各該科事務。其事務較簡者，得不分科或併科辦事，其事務較繁者，得分股辦事。
前項科長或荐任股長由檢察長報請法務部就所屬荐任書記官派兼之，委任股長由高等檢察署檢察長就所屬委任書記官派兼之。
高等檢察署及其檢察分署設所務科者，科長由高等檢察署檢察長報請法務部派任。事務較繁者得分股辦事，股長由高等檢察署檢察長就所屬荐任科員報請法務部派兼之。
福建高等檢察署金門檢察分署除科長、股長派兼，依法務部授權之規定辦理外，餘均準用前三項之規定。