會計室之職掌如下：
一、關於單位預算歲（入）出（概）預算、追加減預算之擬編及分配事項。
二、關於單位預算動支預備金之審核及各項專案經費核撥事項。
三、關於依政府採購法辦理之監辦事項。
四、關於單位預算執行及會計業務之督導檢查事項。
五、關於單位預算各項收支作業之會簽、監驗事項。
六、關於單位預算會計事項之審核、編製、紀錄、整理、保管、送審等事項。
七、關於單位預算各式會計報告及決算編報事項。
八、關於單位預算國有財產增減表及財產目錄之審核事項。
九、關於冤獄賠償核發事項。
十、關於單位預算機關會計報表、憑證、帳冊之銷毀、核轉事項。
十一、關於會計機構組織、員額編制及人力規劃建議事項與請頒印信、移交等事項。
十二、關於會計人員任免、遷調等銓審作業及考績、獎懲、退休、撫卹、培訓計畫、進修等事項之審核、核轉事項。
十三、關於會計業務研究發展考核事項。
十四、關於其他交辦事項。