申請中藥製造品質檢查，每件應繳納之費用如下：
一、國內中藥製造工廠檢查：
（一）新設、遷移、擴建、復業，新臺幣三萬七千元。
（二）增加原料藥、劑型、加工項目、品項之檢查，新臺幣二萬五千元。
（三）後續追蹤管理之檢查，新臺幣二萬五千元。
二、國外中藥製造工廠檢查：
（一）藥廠工廠資料審查，新臺幣六萬元（每案限申請一個劑型、品項或加工項目）。
（二）藥廠工廠資料後續追蹤管理審查，新臺幣四萬元。
（三）藥廠實地檢查及其後續追蹤管理之實地檢查，新臺幣六十萬元（每案限申請一個劑型、品項或加工項目）。
三、委託檢驗申請案審查，新臺幣四千元；須實地查核者，增加實地查核費用新臺幣一萬二千元。
四、藥廠兼製產品審查，新臺幣五千元。